快速低成本的开发大型管理类系统的设计讨论——检验室管理系统

想发起一个大型系统设计及讨论：
功能说明：开发一个全功能信息系统，主要功能系统模块有：实验室合同管理，试剂管理系统，数据采集系统，报告审核发布打印查询系统，办公 oa 系统，考勤管理系统等等。

开发方式：选 b/s ， c/s 的尽量不用，但是数据采集和一些客户端提醒功能用安装程序方式来实现？
c/s 及 b/s 的优缺点就不说了，考虑大部分功能由 web 实现，如果客户端安装，可以集成 webkit 内核后直接连接 web 服务器操作，这样兼容性就不用怎么考虑。在在用户端安装自启动程序，此程序主要处理一些消息提醒（如果使用网站提醒必须打开提醒页面，否则无法提醒，设计使用开机自启动程序就没这个顾虑。后期开发微信及短信或者电话自动提醒功能），客户端自启动程序可以顺便负责自动采集仪器检验数据。

数据库设计：前期采用 mssql ，本来准备每个模块建立一个数据库，在建立一个统一认证的数据库，把这几个不同的库放到不同服务器，提高查询效率，后期大数据多个系统可以独立服务器提高处理能力，但是最近调查接触很少有这样设计的，大家有什么好建议？
开发语言： java 或者 c#


前后端主要使用的技术： bootstrap SignalR 等。

如果让你设计这个，有什么建议或者好的方案